La biobanque E3N-Générations dans un centre d’excellence

Mars 2022

Dès 1994, l’étude E3N a organisé le recueil d’échantillons de sang auprès d’une partie des femmes de la cohorte. Par la suite, en 2010, les femmes E3N pour lesquelles nous n’avions pas collecté d’échantillons sanguins ont été invitées à donner un échantillon de salive au moyen d’un kit d’auto-prélèvement. A leur tour, les pères des enfants des femmes E3N ont été invités en 2014 à donner un échantillon de salive. L’ensemble de ces échantillons constitue la biobanque E3N-Générations.

La biobanque E3N-Générations

A ce jour, elle est composée de :

• 25 000 échantillons de sang prélevés auprès des femmes E3N entre 1994 et 1999. Initialement stockés dans de l’azote liquide à -196°C à l’Etablissement français du sang d’Annemasse.
• 47 000 échantillons de salive prélevés auprès des femmes E3N entre 2009 et 2011. L’ADN salivaire a été extrait de ces échantillons, les reliquats étaient stockés à -80°C au Centre de Ressources Biologiques de l’Hôpital de Bicêtre. Les échantillons de salive restants étaient, quant à eux, conservés à +4°C à l’Institut Gustave Roussy.
• 16 810 échantillons de salive prélevés auprès des hommes de la première génération (les pères des enfants des femmes E3N) entre 2014 et 2015, initialement conservés à température ambiante à l’Institut Gustave Roussy.

De nouvelles collectes sont prévues, enrichissant ainsi la biobanque E3N-Générations de nouveaux types d'échantillons (par exemple les fèces, les cheveux et les ongles). Des prélèvements tumoraux de cancer du sein des participantes de l'étude E3N seront aussi prochainement rassemblés dans la biobanque, constituant ainsi la tumorothèque E3N du cancer du sein.

>> Lire l’article "La tumorothèque E3N du cancer du sein voit le jour"

Afin de rationaliser la collecte, le stockage et l'exploitation des échantillons de sa biobanque, l’équipe de recherche E3N-Générations a souhaité les rassembler dans un seul et même lieu. En partenariat étroit avec d’autres grandes cohortes en population générale, un projet de constitution de la première biobanque centralisée nationale a ainsi vu le jour en 2021.

Le projet "Biobanque Cohortes françaises"

Ce projet vise à créer une ressource nationale centralisée pour la collecte, le stockage et l'exploitation d'échantillons biologiques issus de cinq cohortes généralistes en population françaises (E3N-Générations, Constances, Gazel, Elfe, Epipage2).

Ces cinq cohortes rassemblent au total près de 400 000 volontaires français avec un suivi actif continu allant de quelques années à plusieurs décennies (pour E3N-Générations et Gazel).

Le projet BioCF s'appuiera principalement sur les échantillons biologiques des cohortes, mais aussi sur les données existantes et nouvelles des cohortes. Il devrait permettre de tester de nouvelles modalités d’analyse et de développer le génotypage à large échelle. 

>> Pour aller plus loin "Le projet Biobanque Cohortes Françaises : une opportunité pour la recherche en épidémiologie génétique et moléculaire"

Des échantillons stockés dans un centre d’excellence

Pour garantir un stockage centralisé de très haute qualité, le projet BioCF s’appuiera sur le savoir-faire technique et scientifique de la Fondation Jean Dausset-CEPH. L’ensemble des échantillons constituant la biobanque BioCF est en effet rassemblé depuis janvier 2022 au sein du Centre de Ressources Biologiques du CEPH. 

Ce centre est le premier laboratoire français à avoir obtenu en 2020 la certification internationale ISO20387 : 2018 Biotechnologie - " Biobanking ", et le quatrième dans le monde. Ce laboratoire est ainsi un acteur majeur dans le réseau des biobanques nationales et internationales.

Retour en images sur le transfert des échantillons 

Ici, chaque canister (grand tube cylindrique orange) contient les échantillons prélevés auprès de 72 femmes.
Le transfert se fait à l’aide d’un cryocart, chariot sécurisé servant à transporter sous azote de grandes quantités d'échantillons d'une cuve à l'autre.

Une biobanque d’envergure internationale

La biobanque BioCF constituera à terme un outil central facilitant la planification, le développement et la mise en œuvre rapide de projets scientifiques s’appuyant sur des échantillons biologiques pour étudier la prévention, le diagnostic, le pronostic et le traitement d'un large éventail de maladies. Ses collections biologiques couvrant tous les âges de la naissance à la vieillesse constitueront son originalité par rapport aux très grandes biobanques intégrées dans des cohortes en population au niveau international (Europe, Etats-Unis et Chine).

La Biobanque BioCF repose aussi sur la confiance et la participation à long terme des volontaires qui acceptent de donner des échantillons biologiques, qui répondent régulièrement aux questionnaires de suivi, et contribuent ainsi à la recherche scientifique depuis leur inclusion dans les cohortes. 

L’engagement assidu des volontaires de l’étude E3N-Générations associé à l’expertise scientifique de son équipe de recherche contribueront à relever les défis actuels de la recherche en épidémiologie.